Recherche
Thèmes de recherche
Les projets de recherche de mon groupe visent à améliorer notre compréhension de la physiologie et de la pathogénèse bactérienne grâce à des approches systémiques de biologie des systèmes et de génomiques fonctionnelles. Les projets de recherche se concentrent sur différents aspects de la physiologie bactérienne qui sont cruciaux au cours d’une infection. Notre but est d’identifier de de nouvelles cibles afin de développer la prochaine génération d’antibiotiques et de stratégies alternatives aux antibiotiques.
Interactions génétiques
Chez la bactérie modèle Escherichia coli, seulement ~300 gènes sur plus de 4000 sont essentiels pour la croissance en laboratoire en milieu riche. Cependant, le concept d’essentialité d’un gène est dépendant du contexte génétique (des autres gènes présents sur le génome) et du contexte environnemental (milieu de croissance). Nous étudions les interactions génétiques chez E. coli en générant des collections de doubles mutants à grande échelle et en évaluant leur croissance. Nous sommes également intéressés à développer des méthodes pour étudier à grande échelle les interactions génétiques chez d’autres bactéries pathogènes comme Salmonella Typhimurium et Pseudomonas aeruginosa. Les interactions synthétiques létales (lorsque la délétion de deux gènes devient létale) représentent des cibles pour de nouveaux traitement antibactériens.
Interactions interbactériennes
Lors d’une infection, une bactérie pathogène entre en contact les microorganismes qui forment le microbiote de l’hôte. Ce pathogène doit donc interagir avec ces microorganismes afin de coloniser son hôte. Nous sommes intéressés à mieux comprendre les mécanismes d’interactions interbactériennes. Nous étudions des mécanismes déjà connus, comme le système de sécrétion de type IV (responsable de la conjugaison bactérienne et donc de la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques) et le système de sécrétion de type VI (qui permet la compétition interbactérienne). Nous sommes également intéressés à identifier de nouveaux mécanismes d’interaction entre les pathogènes et les microorganismes présents dans le microbiote. Une meilleure compréhension de ces mécanismes d’interaction servira à développer de nouvelles approches d’anti-virulence qui empêcheront les pathogènes d’établir et de maintenir une infection.
